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Hace poco, nos encontramos con la noticia de que investigadores alemanes publicaron el Genoma completo del neandertal, saltándose la publicación antes en alguna revista científica con lo que trajo algo de polémica. El genoma completo se encuentra en archivos .bam y cada archivo contiene la información de un cromosoma completo. Por tanto si vas al directorio donde está el genoma completo podrás ver 22 archivos más el del cromosoma X y el Y.

A BAM file (.bam) is the binary version of a SAM file.  A SAM file (.sam) is a tab-delimited text file that contains sequence alignment dataUrl: http://www.broadinstitute.org/igv/BAM

Es decir, que el archivo BAM, es un archivo binario del archivo SAM, que es un archivo de texto que contiene los datos de alineamientos separados por tabulación. Puedes leer un poco más de los archivos SAM aquí.

Si quieres visualizar los archivos BAM, deberás usar un programa informático como Integrative Genomics Viewer y podrás ver los alineamientos. Aún así ten cuidado con el espacio en tu disco duro si te bajas todo el genoma.

IGV Tools

IGV Tools

 

Descarga IGV Tools: http://www.broadinstitute.org/igv/projects/downloads/IGV_2.2.13.zip

Autor Francisco Gálvez Prada

Licenciado en Biología. Socio fundador del Centro de Investigación y Desarrollo de Recursos Científicos - BioScripts. CEO en IguannaWeb y CTO en Hidden Nature.

¡Aviso! Hidden Nature no se hace responsable de la precisión de las noticias publicadas realizadas por colaboradores o instituciones, ni de ninguno de los usos que se le dé a esta información.


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