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A veces, saber de la existencia de diferentes lenguajes de programación, que nos permiten jugar con cadenas de ADN y datos procedentes de bases de datos públicas, es cuanto menos, interesante. Hoy quiero hacer una introducción muy sencilla a BioRuby.

1. Instalar Ruby

Evidentemente lo primero que tenemos que hacer es instalar Ruby. Voy  a intentar dar varias soluciones para diferentes sistemas operativos. Aunque lo interesante es lo que viene después.

Windows. Hay un instalador para windows que en visto por aquí: http://rubyinstaller.org. Y por tanto, es un instalador, como otros programas de windows (no debe ser muy complejo).

Linux (ubuntu): Abrimos una consola, y tecleamos:

[cc]sudo apt-get install ruby irb rdoc[/cc]

Nos pedirá nuestra contraseña.

Mac Os X. Bueno pues en principio en este sistema operativo, viene preinstalado. Si abres una terminal y escribes ruby -v nos dirá la versión que tenemos instalada.

2. Instalamos BioRuby

Bueno, esta parte es más sencilla, tan sólo tenemos que teclear gem install bio. Y esperamos a que la terminal haga lo necesario.

3. Jugando un poco con BioRuby

Para empezar a probar, lo primero es entrar en la consola propia de  Bioruby, por tanto abrimos la terminal y tecleamos:
[cc] bioruby
[/cc]

Lo siguiente es probar algunos comandos:
[cc lang=”ruby”]require ‘bio’
seq = Bio::Sequence::NA.new(“atgcatgcaaaa”)
==> “atgcatgcaaaa”
seq.complement
==> “ttttgcatgcat”[/cc]

Ahora explico un poco que pasa aquí. Con el primer comando, tenemos una secuencia (seq) que introducidmos en el sistema con Sequence::NA.new. A partir de entonces seq.comando nos dará el resultado que queramos. Por ejemplo si ponemos seq.complement nos devolverá la secuencia complementaria de la cadena.

Por tanto podemos probar por ejemplo, los siguientes comandos, donde os muestro entre paréntesis el resultado y seguido una pequeña explicación
seq.subseq(3,8) (“gcatgc”) -> Consigue la secuencia entre la posición 3 y 8
seq.gc_percent (33) -> Cuál es el porcentaje de GC
seq.composition ({“a”=>6, “c”=>2, “g”=>2, “t”=>2}) -> O la composición nucleotídica
seq.translate (“MHAK”) -> Traducir la secuencia
seq.translate(2) (“CMQ”) -> Traducirla desde la segunda posición
seq.translate(1,11) (“MHAK”) -> Traducir desde la posición 1 a la 11
seq.translate.codes [“Met”, “His”, “Ala”, “Lys”] -> Mostrar la secuencia con códigos de aminoácidos
seq.translate.names [“methionine”, “histidine”, “alanine”, “lysine”] -> O mostrar los nombres
seq.translate.composition {“K”=>1, “A”=>1, “M”=>1, “H”=>1} -> O la composición de los aminoácidos
seq.translate.molecular_weight 485.605 -> Peso molecular

Fuente y para aprender más: http://thebird.nl/bioruby/Tutorial.rd.html 

Autor Francisco Gálvez Prada

Licenciado en Biología. Socio fundador del Centro de Investigación y Desarrollo de Recursos Científicos - BioScripts. CEO en IguannaWeb y CTO en Hidden Nature.

¡Aviso! Hidden Nature no se hace responsable de la precisión de las noticias publicadas realizadas por colaboradores o instituciones, ni de ninguno de los usos que se le dé a esta información.


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