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Hoy día deberías saber un poco de programación, sea cual sea vuestra rama, educación, carrera… es bueno tener otra mentalidad para afrontar los problemas, y sobre todo para ahorrar tiempo en las operaciones.

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Hace tiempo que conozco BioPHP, donde tienes una serie de funciones PHP para realizar cálculos o ejercicios relacionados con la Genética. PHP (Hypertext Pre-processor) es un lenguaje de programación que se ejecuta de lado del servidor, con lo cual puedes realizar funciones dinámicas y generar código que el explorador interpreta (lado del cliente). Aparte de ahorrar código y tiempo, nos permite realizar operaciones y mostrarlas en un explorador e interactuar con el usuario mediante formularios y envío de información al servidor. Tal vez os perdáis un poco, pero os lo explicaré con un pequeño ejemplo.

Voy a explicar un poco sobre una función PHP para calcular el contenido en G+C de una cadena de ADN: Como muchos sabréis el ADN está compuesto por una cadena de nucleótidos A (Adenina), T (Timina), G (Guanina) y C (Citosina), compuesto por 2 hebras de nucleóticos que se unen de forma A-T y C-G. El contenido GC es importante ya que esta combinación conlleva a 3 puentes de hidrógeno en vez de 2 como se da en la unión A-T. Lo cual es importante ya que la fuerza que ejercen entre las dos hebras la unión GC es más fuerte. Por tanto cuanto más contenido GC más energía será necesaria en el caso de querer separar las dos hebras de ADN.

Imagina una secuencia tal que: ATCGAGCTCGCATCAGACTCGCAACGTGATCAGTCGATTTAGCATCAG
¿cómo contamos de forma rápida su porcentaje en contenido G+C?

 

[cc lang=’php’ ] function GC_content($seq) {
$number_of_G=substr_count($seq,”G”);
$number_of_C=substr_count($seq,”C”);
$gc_porcentaje=round(100*($number_of_G+$number_of_C)/strlen($seq),2);
return “G+C %: $gc_porcentaje\n\n”;
}
[/cc]

La función que tenéis arriba es muy sencilla, su nombre es  GC_content() y le pasamos una variable ($seq), que es la secuencia de ADN (en principio una sola hebra) y realiza 3 operaciones sencillas, para devolver un valor.

  1. $number_of_G=substr_count($seq,”G”);  – Esta función PHP substr_count nos ayuda a contar cuántas G tenemos en la secuencia.
  2. La siguiente línea es igual pero contamos cuántas C hay.
  3. Estos dos valores los guardamos en $number_of_G y $number_of_C
  4. Una vez tenemos ambos valores, sumamos los dos números obtenidos y lo dividimos por el total de la cadena (strlen).
  5. Después lo que hace es calcular el porcentaje (multiplica por cien). Y la función round sirve para redondear. El .. ,2); … que véis al final es para devolver 2 decimales. Todo esto lo guarda en la variable $gc_porcentaje.
  6. Finalmente lo que hace es devolver el resultado (return).

¿Y cómo se usaría esta función? Sencillo, sólo tienes que poner esto:

 

[cc lang=’php’ ] echo GC_content(‘ATCGAGCTCGCATCAGACTCGCAACGTGATCAGTCGATTTAGCATCAG’);
[/cc]

Podéis pegar aquí la secuencia y marcar la casilla “G+C content” para ver el resultado ; ).

 

 

Autor Francisco Gálvez Prada

Licenciado en Biología. Socio fundador del Centro de Investigación y Desarrollo de Recursos Científicos - BioScripts. CEO en IguannaWeb y CTO en Hidden Nature.

¡Aviso! Hidden Nature no se hace responsable de la precisión de las noticias publicadas realizadas por colaboradores o instituciones, ni de ninguno de los usos que se le dé a esta información.


2 comentarios en “Porcentaje en contenido G+C (BioPHP)

    por Mireya Villafaña -

    Hola,
    El contenido de tu artículo me pareció interesante, pero no puedo citarlo de manera apropiada. Una de las cosas que hacen seria a una revista (no importa si es impresa o en línea) es que su contenido sea cuidadosamente revisado. Entiendo que el rigor varía de acuerdo con el público al que está dirigido, sin embargo si todo puede ser constatado mediante citas, referencias o bibliografía, como en cualquier tarea o trabajo escolar. Espero que mi comentario sea de utilidad para su revista. Mis mejores deseos para su proyecto.

    por Francisco Gálvez Prada -

    No te falta razón Mireya. Es una entrada antigua, estamos en proceso de revisarlas y ponerlas bien. Un saludo.

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